AtomのRemote-FTPはAtomからサーバーにファイルをアップロードできる便利なパッケージですが、
.ftpconfigを作成してPackages > Remote FTP > Connetとやっても「Remote FTP: Coud not read .ftpconfig file.」と表示されてサーバーに接続できないことがありました。
ググってみたけど同じ現象が発生している人はいなそうで、色々試した結果Packages > Remote FTP > ToggleとするとRemote FTPのビューが表示されるので、そこでConnetボタンを押すと無事にサーバーに接続できました。
なんか設定とかやり方を間違えているかもしれませんがとりあえずこれで。